Nasceu em Praga, no ano de 1948. Licenciou-se em Ciências Sociais e Humanas, em 1972, na Universidade Charles, Praga.
Pouco depois, iniciou, clandestinamente, a formação superior em Teologia, que veio a concluir, já depois da queda do muro de Berlim, numa importante universidade pontifícia de Roma.
Foi perseguido, durante a ocupação comunista, como “inimigo do regime”. Trabalhou como psicoterapeuta numa unidade de acompanhamento a toxicodependentes. Em 1978, sempre na clandestinidade, foi ordenado sacerdote e tornou-se um dos assessores mais próximos do cardeal Tomášek, figura emblemática da chamada “Igreja do Silêncio”. Com o fim do Comunismo, foi nomeado conselheiro do presidente Václav Havel e, posteriormente, Secretário-Geral da Conferência Episcopal Checa.
Atualmente, ensina Sociologia e Filosofia da Religião na Universidade Charles, em Praga. Tem também exercido a docência, como professor convidado, em universidades tão prestigiadas como Oxford, Cambridge e Harvard. É membro da Academia Europeia da Ciência e da Arte e foi consultor do Conselho Pontifício para o Diálogo com os Não-Crentes.
Os seus livros estão traduzidos em numerosas línguas. Foi distinguido com prémios nacionais e internacionais de literatura e de diálogo intercultural e inter-religioso, como o Prémio Cardeal König (2003) ou o Prémio Romano Guardini (2010), assim como o galardão de “Melhor Livro Europeu de Teologia” de 2009/10, recebido pelo seu livro Paciência com Deus, editado pela Paulinas Editora, em 2013.

Tomáš Halík foi distinguido com a edição de 2014 do Prémio Templeton, de 1,3 milhões de euros, um dos maiores do mundo atribuídos a pessoas individuais.

O padre e filósofo checo arriscou ser preso por promover a liberdade religiosa e cultural depois de a União Soviética ter invadido a Checoslováquia, tendo-se tornado desde então um defensor do diálogo entre diferentes fés e não crentes, assinala o site do Prémio Templeton.

O prémio da Fundação Templeton, sediada em West Conshohocken (Pensilvânia, EUA), distingue uma personalidade que tenha contribuído de forma relevante para afirmar a dimensão espiritual da vida.

Entre os distinguidos encontram-se a Beata Madre Teresa de Calcutá, no primeiro ano em que o galardão foi atribuído (1973), Irmão Roger (Taizé), Chiara Lubich, Aleksandr Solzhenitsyn e, em 2013, o arcebispo anglicano Desmond Tutu.